南京国家农高区位于南京南部，扼苏皖之门户，处长三角城市群西翼，交通便利，网络发达，是长三角重要的交通枢纽区和苏、浙、皖、沪三省一市的重要交通节点。具有“1分钟上高速、10分钟到高铁、半小时到机场、1小时到港口，2小时到杭州、上海”的交通优势，是华东地区鲜有的集空港、铁路、公路、水陆于一体的立体交通枢纽城市。
空港枢纽方面
距禄口国际机场 26公里，现有宁宣高速直通机场。
港口枢纽方面
距国家正在投资建设的江海联运主枢纽深水港——南京港60公里，区内秦淮河四级航道可直达南京港。
铁路枢纽方面
境内有宁杭城际铁路“溧水”站，主城距高铁南京南站40公里，S9线（宁高城际）、S7线（宁溧城际）建成通车。
公路枢纽方面
宁杭、宁宣、宁高、沿江、溧马等多条高速公路与S246、S341等干线公路纵横交汇，交通便利。
